- Керівництво
- Головний спеціаліст з питань запобігання корупції
- Головний спеціаліст з режимно-секретної роботи
- Головний спеціаліст із зв’язків з громадськістю
- Відділ організації реєстраційної діяльності та допуску водіїв до керування транспортними засобами
- Відділ логістики
- Сектор фінансового забезпечення та бухгалтерського обліку
- Сектор персоналу
- Сектор юридичного забезпечення
- Сектор організації діяльності та планування
- Сектор документального забезпечення
- Сектор взаємодії із суб’єктами обов’язкового технічного контролю
- Сектор організації допущення транспортних засобів до перевезення небезпечних вантажів та підвищення кваліфікації водіїв
- Сектор інформатизації та довідкового забезпечення
- Територіальний сервісний центр № 5941 (на правах відділу, м. Глухів)
- Територіальний сервісний центр № 5942 (на правах відділу, м. Конотоп)
- Територіальний сервісний центр № 5943 (на правах відділу, м. Охтирка)
- Територіальний сервісний центр № 5944 (на правах відділу, м. Ромни)
- Територіальний сервісний центр № 5945 (на правах відділу, м. Шостка)
- Територіальний сервісний центр № 5946 (на правах відділу, м. Суми)